Decydując się na wybór funduszu inwestycyjnego należy uwzględnić koszty wynikające z opłat ponoszonych przez inwestora. Opłaty możemy podzielić na takie, które obciążają bezpośrednio członka funduszu ( opłaty za nabycie, umorzenie i konwersje jednostek uczestnictwa) oraz opłaty pośrednie pobierane w trakcie trwania inwestycji.
Najważniejszą opłatą pośrednią jest opłata za zarządzanie, która stanowi wynagrodzenie towarzystwa za zarządzanie aktywami funduszu. Część funduszy pobiera też opłatę zmienną od wypracowanego zysku powyżej ustalonej wartości lub indeksu np. jeśli funduszu wypracuje 6% zysku, lub osiągnie 120% wartości WIG.
Maksymalna wysokość opłat pobieranych przez fundusze może wynosić: 3% w roku 2020, 2,5% od 2021 roku i 2% od 2022 roku. Wyższe opłaty za zarządzanie pobierane są przy funduszach akcji a niższe przy funduszach obligacji czy rynku pieniężnego. Fundusz ponosi również inne koszty składające się na opłatę bieżącą m.in. koszty depozytariusza, koszty usług księgowych, prowizji pobieranymi przy transakcjach.
Źródłem informacji o opłatach pobieranych przez fundusz jest Prospekt Informacyjny Funduszu oraz Karta KIID (Key Investor Information Document).
Poniższy tabela pokazuje wpływ opłaty za zarządzanie na zgromadzony kapitał w dłuższym horyzoncie czasowym:
Kwota inwestycji 100 000 zł
Fundusz A – średnioroczny zysk 8 % minus opłata za zarządzanie w wysokości 1,25 % = 6,75%
| Okres | Zysk | Kapitał |
| 10 | 92 167 | 192 167 |
| 20 | 269 281 | 369 281 |
| 30 | 609 637 | 709 637 |
Fundusz B – średnioroczny zysk 8 % przy opłacie za zarządzanie w wysokości 2% = 6%
| Okres | Zysk | Kapitał |
| 10 | 79 084 | 179 084 |
| 20 | 220 713 | 320 713 |
| 30 | 474 349 | 574 349 |
Po okresie 30 lat różnica w kapitale wynosi 135 288 zł